Nhà ga Kyoto là đầu mối giao thông của thành phố. Là nhà ga lớn thứ nhì của Nhật, cao 15 tầng, nó bao gồm một trung tâm mua sắm lớn, khách sạn, rạp chiếu phim và siêu thị Isetan. Tuyến đường tàu cao tốc Tōkaidō Shinkansen (xem bên dưới) cũng như tất cả các tuyến đường tàu địa phương đều được kết nối tại đây.

Hệ thống tàu điện ngầm và mạng lưới xe buýt thành phố của Kyoto có phạm vi rất rộng. Các tuyến đường tàu tư nhân cũng hoạt động trong phạm vi thành phố. Khách du lịch cũng thường xuyên tham gia giao thông trên các tuyến xe buýt công cộng, xe buýt du lịch hoặc đi taxi. Xe buýt vận hành trên tất cả các tuyến đường trong thành phố, đặc biệt tại các nơi không có tàu điện. Xe buýt ở Kyoto có thông báo bằng tiếng Anh đi kèm với bảng điện tử báo hiệu điểm dừng tại các bến đỗ có ghi tên dùng ký tự La tinh.

Hầu hết các xe buýt trong thành phố đều có mức giá cố định: 230 yên/người lớn và 120 yên/trẻ em 6-12 tuổi. Bên cạnh đó còn có vé đi không giới hạn 1 ngày trong thành phố (500 yên/người lớn và 250 yên/trẻ em) hay vé kết hợp giữa tàu và xe buýt (1200 yên/người lớn và 600 yên/trẻ em). Hình thức vé này đặc biệt tiện dụng cho việc đi tham quan nhiều địa điểm khác nhau trong 1 ngày của du khách. Trung tâm thông tin xe buýt ở ngay bên ngoài nhà ga trung tâm phụ trách việc bán vé. Công ty vận tải của thành phố cũng phân phát các tờ rơi rất hữu ích, gọi là "Bus Navi". Tờ rơi này bao gồm bản đồ các tuyến đường đi của xe buýt tới hầu hết các địa điểm du lịch cùng với giá vé. Khách du lịch có thể dễ dàng lấy tờ rơi này tại các trung tâm cung cấp thông tin cho khách hàng ở trước cửa các nhà ga chính.

Tuyến tàu điện cao tốc Tōkaidō Shinkansen phục vụ vận chuyển hành khách giữa Kyoto với Nagoya và Tokyo (theo một hướng) và vùng Osaka cũng như các địa điểm khác ở phía tây (theo hướng ngược lại). Tàu Tōkaidō Shinkansen đi từ nhà ga trung tâm Kyoto đến nhà ga trung tâm Tokyo mất khoảng 140 phút. Một đường khác dẫn đến Kyoto là qua sân bay quốc tế Kansai. Tuyến tàu nhanh Haruka Express đưa hành khách từ sân bay tới nhà ga Kyoto trong vòng 72 phút. Ngoài ra cũng có các tuyến tàu khác như JR, Keihan, Hankyu hay Kintetsu và các tuyến khác dẫn đến Kyoto cũng như các thành phố lân cận trong vùng Kansai.

Ngoài ra, đi xe đạp cũng là một cách đi lại phổ biến trong thành phố, thậm chí nó còn như một văn hóa đi xe đạp của cố đô Kyoto. Địa hình và phạm vi của thành phố cũng phù hợp cho việc đi lại bằng xe đạp.